El Ministerio Público tiene su origen en el derecho español, que preveía la existencia de funcionarios denominados fiscales, encargados de promover justicia y perseguir a los delincuentes. Durante la Colonia formaban parte de las Reales Audiencias, de acuerdo con las leyes del 5 de octubre de 1626 y del 9 de octubre de 1812. Los fiscales subsistieron en las constituciones de Apatzingán de 1814, y en la federal de 1824 fueron incluidos en la organización del Poder Judicial; la primera contempló dos fiscales, uno para lo penal y otro para lo civil, como partes del Supremo Tribunal de Justicia; en la segunda integraba un fiscal a la Corte Suprema de Justicia y los promotores fiscales a los Tribunales de Circuito. A su vez, la Ley de los Tribunales de Circuito y Juzgados de Distrito del 22 de mayo de 1824 adscribió un promotor fiscal en cada Juzgado de Distrito.

Las Leyes Constitucionales de 1836 determinaron que la Corte Suprema de Justicia estaría constituida por 11 ministros y un fiscal inamovible en el cargo, salvo la remoción por enjuiciamiento ante el Congreso General. Las Bases Orgánicas de 1843 sólo hicieron referencia al fiscal como miembro de la Corte Suprema. La Ley Lares de 1853, además del fiscal "que será oído en las causas criminales", menciona por primera vez, constitucionalmente, el cargo de Procurador General de la Nación con rango similar al de Ministro de la Suprema Corte de Justicia, movible a voluntad del Ejecutivo Federal, con funciones para intervenir en defensa de los intereses nacionales. La ley sobre Administración de Justicia, expedida por el Presidente Juan Álvarez en 1855, instituyo dos fiscales integrantes de la Suprema Corte.

La Constitución de 1857 conservó la fiscalía en los Tribunales de la Federación y un Procurador General como integrante de la Suprema Corte de Justicia. En las discusiones del constituyente de 1857 se mencionó, por primera vez, al Ministerio Público con facultades para promover la instancia en representación de la sociedad, a pesar de lo cual no llegó a prosperar al establecimiento de la Institución.

El Reglamento de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, expedido en 1862 por el Presidente Benito Juárez, estableció que el Ministro Fiscal fuera " oído en todas las causas criminales o de responsabilidad, en todos los negocios que interesen a la jurisdicción o competencia de los tribunales, en las consultas sobre duda de la Ley y siempre que él lo pida o el Tribunal lo estime oportuno". Además, señaló que el Procurador General tendría intervención "en todos los negocios que se interese la Hacienda Pública o de responsabilidad de sus empleados o agentes y en los que, por los mismos motivos, se interesen los fondos de los establecimientos públicos".

En los Códigos de Procedimientos Penales de 1880 y 1894; en el Código de Procedimientos Federales de 1895 y en las Leyes Orgánicas del Ministerio Público Común y Federal de 1903 y 1908, respectivamente, son documentos clave para comprender el funcionamiento del Ministerio Público y de la Policía Judicial, antes de la Constitución de 1917.

La Ley de Secretarías de Estado de 1891 incluyó al Ministerio Público Federal dentro de la Secretaría de Justicia e Instrucción Pública. En las reformas a los artículos 91 y 96 de la Constitución de 1857, de mayo de 1900, se separa al Ministerio Público Federal y al Procurador General de la República de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, empleándose por vez primera el término de Ministerio Público Federal. La primera Ley Orgánica del MPF se expidió en diciembre de 1908.

La Constitución de 1917 establece en materia penal, una doble función del MPF, como titular de la acción penal y como jefe de la policía judicial, asimismo la persecución de los delitos del orden federal.

De igual forma se le otorgó al Procurador General de la República, de manera personal, el cargo de Consejero Jurídico del Gobierno e intervenir en los negocios en que la Federación fuera parte. Destaca el artículo 107 que establece las bases generales que regulan el juicio de amparo, haciendo referencia al Ministerio Público Federal.

En agosto de 1919 se expidió la segunda Ley Orgánica en la cual se asigna al Ministerio Público intervenir como parte en todos los juicios de amparo; una tercera se publicó en agosto de 1934 en la cual se reestructura la Procuraduría.

Durante la administración del Presidente Lázaro Cárdenas 1934-1940, la Procuraduría inició la lucha contra el tráfico de enervantes, impidiendo la siembra y la importación de drogas. En enero de 1942 se expidió la cuarta Ley Orgánica, en la cual se inserta la innovación de velar por el respeto a la Constitución por todas las autoridades federales y locales. En 1951 se reforma el artículo 107, fracción XV de la Constitución, estableciendo que el Procurador General o el agente del Ministerio Público será parte en todos los juicios de amparo y podrá abstenerse cuando éste carezca de interés público, y la quinta, expedida el 10 de noviembre de 1955 y publicada en el Diario Oficial de la Federación el 26 del mismo mes y año.

En su evolución el MPF se ha regido por diversos ordenamientos, siendo los principales la Ley Orgánica de la P.G.R. y su Reglamento, los cuales se han modificado en distintas ocasiones, la última el 1 de noviembre de 2001.